Ни PDF, ни форматы MS office не контролируют принтер, кроме как в форме маркеров конца страницы или границ страницы. Потому прямой ответ на ваш вопрос - нет, нельзя. Свойства двусторонней печати задаются в настройках самого принтера.
Способ максимально автоматизировать процесс - выводить всё страницы с двусторонней печатью в отдельный файл, а с односторонней - в другой.
