Не уверен, но CTR+Shift+U функционирует. Возможно с других таблиц или как-то принципиально по другому функционирует это сочетание.
Таблицы upper/lower case для кириллических символов можно как-то установить в Notepad++? Может какие-то палагины есть в которых есть эта возможность, но нужно именно по собственным регуляркам, не по вшитым.