Выпилить из uploads все файлы .php, сохранить файл wp-config.php , сравнить его содержимое с его
описанием и со структурой файла wp-config-sample.php. При наличии расхождений (кроме параметров подключения к бд и других легитимных опций), например функций/вызовов функций - перенести нужные параметры в wp-config-sample.php и переименовать в wp-config.php (при этом отложить этот файл). Сохранить тему.
Заменить все файлы wordpress на оригинальные. Положить на свое место отложенный ранее wp-config.php. Проверить тему на наличие непонятного\стороннего кода. Проверить права доступа к файлам и папкам.