регулярку выше обработать все эти файлы и
1) Обход всех папок - ls -Recurse -include *.js
сохранить копии в папку runtime рядом с папкой source сохраняя дерево папок тем же,
2) Вычисление нового пути (если source находится только на одном уровне ) $_.FullName -replace '\\source\\','\runtime\'
но уже без комментариев в файлах.
2) Преобразование
2.1) Прочитать - gc -Raw
2.3) Заменить -replace , ''
2.4) Записать - sc
Итого что-то типа
ls -recurse -include *.js | %{
$targetPath = $_.FullName -replace '\\source\\','\runtime\'
mkdir (Split-Path $targetPath) -force
(gc $_.FullName -Raw) -Replace <REGEX>,'' | sc $targetPath
}
Для отладки советую visual studio code c соответсвующим экстеншеном.
Учтите, что данный код теряет инфу о кодировке, у всех будет UTF8 с маркером порядка байтов (наберите sc -? если хотите установить другую кодировку)