Конечно можно, но если в планах потом работать руками с этой почтой то я бы не стал загонять все в отдельные файлы. Лучше подключите ваши ящики в локальный почтовый клиент типа Thunderbird/The Bat/Outlook и синхронизируйте, в итоге получите локальную почтовую базу с возможностью актуализации в любой момент, удобным поиском, просмотром, каталогизацией.