Я обычно вообще не использую ВП в IDE в проектах.
Делаю плагин - его папку из папки плагинов оформляю как отдельный проект.
Делаю ВП тему - тоже самое.
Ну да сейчас у меня там под сотню проектов - но зато версионность обалденная.
Открываю на гите проект - и вот он только плагин и я вижу только работу над ним, никакого мусора.
Скажите - а к чему такое стремление в IDE, весь движок который развивают другие люди запихивать?