Как он заносит их в базу данных чтобы выводилось и название лекарства и аптека в которой оно есть и цена?
В чем сложность? Вам интересно как парсер может отличить эти данные? Возможно парсер был специально подготовлен для этого сайта, есть множество библоитек для разбора DOM, они позволяют брать какие то данные из определенных структур страницы. Например, название препаратора взять из тега h1, а цену из div с классом price.
Возможно парсер работает с специально размеченными данными, сайты могут сами предоставлять информацию в специальном формате для агрегаторов, типа яндекс маркета.
Возможно парсер автоматический, не требует составления правил для каждого сайта вручную, а использует, например, микроразметку.
Там есть агрегированная таблица?
Как правило да. Если речь именно о парсере агрегатороа, то практически всегда.