Ни для кого не секрет, что доменное имя в некоторой степени влияет на позиции.
для меня секрет. Его история - да, а вот само имя?
если после склейки вынести файлы с сайта 2 на другой домен?
поисковых систем не интересуют файлы, их интересуют адреса и контент, который они по ним получают
1) Корректно ли будет склеить доменные имена site1.ru и site2.ru для отображения контента site1, а контент с сайта site2 посадить на другой домен?
Какой другой? site3? Это новый домен, что это за домен? Для кого корректно? Какая цель?
2) Будет ли этот site3.ru с контентом site2 подвергаться каким-то санкциям за полное копирование контента с существовавшего ранее site2.ru?
Проверьте. Думаю что так как site2 уже не имеет этого контента - то нет. Если разнести во времени, то должно быт норм, но это догадки не думаю что кто-то проводил такие эксперименты.
3) Будет ли этот site3.ru с контентом site2 подвергать санкциям site1 (со склеенными доменными именами site1.ru и site2.ru)?
не вижу причин, точнее не понял Вашу логику, при чем тут site1?
ПС: А зачем эта адская схема? Вы навряд ли получите что-то хорошее от этих манипуляций, а риск получить негатив есть. Смысл? Это как "а не вставить ли себе задницу hdmi переходник". Ведь никто не пробовал, вдруг это даст преимущество. Вряд ли, скорее будет не удобно сидеть. Хотя никто не проверял и вероятность есть.
