Здравствуйте!
Использую следующее:
echo system('zip -P pass '.$fullFileName.'.zip '.$fullFileName);
в итоге на сервере получаю архив, скачиваю его и распаковываю WinRAR'ом. При этом окно ввода пароля можно закрыть либо ввести любой набор символов, в итоге получаю распакованный файл. Полностью рабочий.
Это баг или на сервере что-то не так работает?