1) Всё настроено так, что бы автоматически подключать все конфиги из этой папки? Т.е. если я добавлю ещё один фай, например my-nginx.conf то он тоже будет автоматически подключен?
2) Где лежит в этом случае и как называется самый главный конфиг nginx, где таймауты прописаны и т.п.?
lapka-admin, ну, тогда варианта два - либо nginx не установлен (это можно посмотреть, например, через менеджер пакетов), либо каталог с его бинарником не добавлен в PATH.