Подскажите, где находятся настройки модуля структуры компании и как починить?
Это не таблицы, а разделы инфоблоков.
В админке: Контент - Оргструктура - Подразделения
Если с технической точки зрения, то орг.структура строится из разделов инфоблока, код которого лежит в b_option (модуль: intranet. название: iblock_structure)
Орг. структура строится самостоятельно исходя из существующих разделов и их иерархий. Если структура позволяет, то приоритет отдается выравниванию вниз, если много подразделений одного уровня, то в ширь (при условии что они не вытянулись вниз).