Thunar -> Edit -> Configure Custom Actions (как это в русифицированном варианте, я не знаю, наверное, "Правка" - "Добавить своё действие")
Добавь там новый элемент с командой
"subl %f"
. Убедись, что во вкладке Appearance Conditions (условия появления?) галочка стоит и на "Каталогах" (Directories).
Инфа
отсюда.