Там решения я не нашёл. Около каждой жёлтой папки написано (library home). Насколько я понял, это библиотеки, которые находятся под управлением композера и трогать их не рекомендуется..
@Quber library home появляется тогда, когда в проекте инициирован композер. Это показывает, что папки заэксклудена (пропущена), но в настройках Settings -> PHP -> Include path указаны эти-же папки. Сделано это просто для удобства, чтобы понимать, что является и что лучше не трогать без надобности.
Подсветка файла или папки означает то, что в коде имеется ошибка или алерт. В вашем случае, в коде скорее всего какой-нибудь тэг не закрыт или подгружается файл с ошибочным урлом. Если файл подсвечен красным, тогда в коде имеется критическая ошибка.
Файл подсвечен не один, сотни файлов подсвечено.. папки тоже порядка 40-50 точно подсвечено. Однако проект работает нормально. Грузятся страницы сайта в рабочем режиме. В файлах не показывается никаких ошибок. Однако имена папок и файлов (которые были подгружены композером) светятся жёлтым цветом.
Мы заметили такую штуку, что периодически шторм отмечает как ошибочные файлы в результате внутренней ошибки явы, причем именно на х32 системах, на 64х все ок