Mouse position находится в экранной системе координат, а префаб вы создаете в мировой.
Что бы перевести позицию мыши в мировую систему координат используйте метод
Camera.main.ScreenToWorldPoint().
using UnityEngine;
public class SnotCreater : MonoBehaviour
{
public GameObject Circle;
public GameObject CirclePrefab;
void Start()
{
}
void Update()
{
if (Input.GetMouseButtonDown(0))
{
var mousePos = Camera.main.ScreenToWorldPoint(Input.mousePosition);
Circle = Instantiate(CirclePrefab, mousePos, Quaternion.Euler(0,0,0)) as GameObject;
}
}
}