Есть какой то способ найти, что и где вызывает эту ошибку?
Смотрите и другие логи, а именно логи веб сервера (apache, nginx), системные логи (systemctl и\или syslog)
Если ошибка по таймауту, то нет иного решения, кроме как увеличить время скрипта или сократить время выполнения скрипта, но тогда надо дебажить сам код веб проекта.