Но есть одна беда: если выключаю товар в админке опенкарта, то после обмена данными (в 1С нажимаю "обмен") товар включается
Ну логично.
Было бы странно если бы не включался - он же с обменом к вам пришел.
Выключайте товар в 1с и все будет хорошо.
Либо правьте обмен, если не устраивает текущая функциональность.