Снаружи (с точки зрения пользователя, который к ним обращается) - ни в чём.
Slave - это и есть secondary.
С точки зрения администрирования, master - это тот NS-сервер, на котором вносятся изменения для вашей зоны. Его slave-серверы автоматически получают (и "применяют") такие изменения. В целом это позволяет менять dns-записи в одном месте.
Соответственно, разница между услугами:
DNS-master Primary+Secondary = никру предоставит 2 сервера, на одном из которых вы сможете вносить изменения в зоне (видимо, через их вебморду).
Secondary only = никру не позволяет вносить изменения в зоне у себя. Вам необходимо поддерживать свой dns-master, на котором вы будете вносить изменения (а никру будет их забирать у вас).
Вся эта истерия в свете того, что при домен должен быть делегирован на, как минимум, 2 DNS сервера с адресами из разных подсетей класса C (например, 8.8.8.8 и 8.8.4.4 - подошли бы для делегирования, а 8.8.8.8 и 8.8.8.4 - нет). А хостеры обычно дают один ip-адрес серверу (тем более, если это виртуальный сервер). И даже если они дают 2 адреса - то в 99% случаев они в одной подсети. Для таких случаев и нужна услуга slave-only.