DNS домена должны смотреть на IP адрес сервера, все.
Остальное настраивается на уровне веб-сервера (Apache, Nginx etc) - он должен "слушать" и принимать все запросы на свой IP, а уже по доменному имени определять, из какой папки брать файлы. Точно также он может отдавать определенные файлы только по IP. А может и не отдавать - как настроите. Скорее всего, ваш этот расчудесный ISP Manager при настройках домена автоматом отключает обработку чистого IP. Как это исправить - ищите в его доках или добавьте к вопросу тег "
ispmanager", может найдется кто-то, кто в нем разбирается. Я лично не использую (и не советую) никакие контрольные панельки, особенно на базовых VPS, по нескольким основным причинам:
- они жрут лишние ресурсы
- тащат в комплекте вагон ненужного хлама
- их конфиги зачастую неадекватны (средние по больнице)
- кастомизировать эти конфиги под себя - сплошной ад
- лишние "moving parts", которые надо поддерживать и обновлять (в том числе по безопасности), настраивать, изучать и тд
- используя панельку вы сами себе делаете медвежью услугу, отказываясь от возможности изучить все составные части стека и научиться делать "по уму".
Средний
