У вас есть пакет wine, из репозитория ubuntu, и пакет winehq-stable из репозитория winehq.
Установлен второй. Первый действительно не установлен, что вы и наблюдаете в центре приложений.
В меню их нет, и в инструкции указано:
Menu items are not created for Wine's builtin programs (winecfg, etc.), and if you are upgrading from a distro package that had added them, they will be removed. You can recreate them yourself using your menu editor.
Т.е. в меню их надо добавить руками.
Ну и внимательно прочтите остальные пояснения в инструкции, раз решили ей воспользоваться...
