Если такое происходит только с php-файлами (не js, css или чистый html - что можно легко проверить), тогда это скорее всего одно из двух:
1. PHP Opcache. Хостер настроил достаточно долгое время жизни кеша байткода, соответственно, в течении этого срока выдаваться будет закешированная скомпилированная версия. Обновится она только по истечении срока жизни кеша.
2. Включено полностраничное кеширование, то есть вам отдается заранее сгенерированная html-версия страницы, запрос не доходит до PHP вообще. Опять же, обновится только по истечении срока жизни кеша.
Подробнее можно узнать у хостера.