Думаю, что setsebool безопасно.
audit2allow - опасно. Просто надо понимать что Вы разрешаете. Обычно разрешаются все запросы к чему-либо, а это - опасно и в некоторых случаях равносильно отключению selinux.
Но обычно - у Вас другого выбора нет: или всё что необходимо - разрешить, или перестроить/перенастроить Вашу подситему другим способом, чтобы не использовать audit2allow, или ли разработать собстенную политику для себя (требуется более глубокого понимания selinux).
