Почему такое могло произойти?
В торговых документах во всех типовых конфигурациях включено оперативное проведение. Это значит, что при каждой записи в рамках текущего дня, у документа устанавливается текущее время. В вашем случае, кто-то создавал и проводил реализации, а потом тут же заходил в заказ и делал там какую-то мелкую правку (как пример, в комментарии записал, что отгрузка прошла). Или кто-то вам сделал такую "доработку" - изучайте код своей конфигурации.
Как можно применить к ним всем разом изменение даты по формуле: дата текущего документа + 1 минуту и провести?
Выше
Константин правильно написал. Нет никакого массового Replace/Update - нужно каждый документ явно получить и исправить. Далее копия моего комментария:
-----------
Код можно немного модифицировать и выполнить в разделе произвольного алгоритма в стандартной обработке с ИТС - "Универсальный подбор и обработка объектов":
Объект.Дата = Объект.Дата + 60;
Объект.Записать();