1) У вас невалидный json.
www.site.ru?filters[]={"name":"petr","age":25}
2) Laravel не парсит автоматически get параметры на наличие json-а. Только тело запроса.
Если хотите, чтобы json декодировался автоматически, отправляйте POST запрос, и json в теле.
3) Вручную его парсить так:
json_decode($request->input('filters')[0], true);
т.к. filters - это массив.