В винформах есть TreeNodeCollection, а NodeCollection к винформам отношение не имеет. Можно уточнить о каком списке идет речь? И как это все связано с ISite?
Если говорить о TreeNodeCollection, то TreeNode реализует ISerializable и по идее должен нормально сериализоваться.
Вы бы привели пример куска кода, который Вы сериализуете и он у Вас не сериализуется.