Простите, а зачем он Вам?
Есть dosbox для запуска старых приложений, есть virtualbox/vmware player для виртуализации всяких ос, есть, на совсем уже экзотические варианты вроде hyper-v роли в windows 8/ server 2008/2012
а freedos это обычно то, что идёт с готовыми ноутбуками "без ОС" для проверки того, что они вроде как запускаются и как-то работают, а после покупки такого чуда на него обычно водружается linux/windows по предпочтениям ИТ подкованного пользователя
Содержимое загрузочного сектора на FAT32-разделе посмотреть можете?
Какие системные файлы ищет загрузчик? IO.SYS?
Если да, то фридосовский KERNEL.SYS положите на тот раздел под именем IO.SYS
И ещё нужен COMMAND.COM
Этого достаточно для старта системы.
А вообще лучше сначала поиграться с FreeDOS в VirtualBox'e, с попутным плотным чтением документации по ней.
Или запускайте с флешки SystemRescueCD, в него входит образ флоппи-диска с FreeDOS.