Надо сделать собственный таймер, только не пойму как его реализовать. То есть для меня не понятно как цифры разделить на 2 части 00, то есть получить 0 0. Или как-то не правильная реализация? https://jsfiddle.net/hollanditkzn/0qvwke7o/38/
Делайте самый обычный счетчик по убыванию.
Начальное время лучше задавать и брать из data-атрибута, а не разметку парсить.
В конце, перед самым выводом цифр, переводите их в строку и разделяете посимвольно:
let secondDigits = secondValue.toString().split('');
До или после разбиения на символы можно проверить, одна или две цифры и дополнить ведущим нулём.
Далее просто вписываете первый элемент массива в один спан, второй — во второй.