Напрашивается написать сервис, который будет брать на входе:
- список .Net сборок, по которым нужно построить документацию;
- список соответствующих им файлов xml-документации.
И выдавать на выходе (с помощью Reflection):
1) иерархическую структуру сайта в виде:
- namespace / class / method, property
2) контент каждого узла, состоящий из данных, полученных через тот-же Reflection + текст, полученный из xml-документации.
Образец архитектуры такого сервиса здесь:
services.msdn.microsoft.com/ContentServices/Conten...
(это MSDN Library так построена)