У вас все хорошо, просто это кеш.
Для самого простого деплоя (допустим тупо git pull) используйте нечто
вроде этого.
Модифицируйте под свои нужды этот скрипт под себя.
Ну а так, безусловно во время деплоя нужно насильно очищать все кэши, тогда изменения будут видны.