Во-первых, да, при добавлении минус-слов цена будет менять. Но главное, что цена клика по позиции у запроса, что Вы видите в интерфейсе - это средняя цена, которая включает все возможные комбинации с этим запросам, включая все средне и низкочастотные, а также различные параметры аудитории и геотаргетинга.
То есть непосредственно во время аукциона на запрос "iphone купить" ваша ставка по запросу "iphone" будет участвовать на общих основаниях с другими конкурентами. И если они изначально нацеливались на этот запрос и назначили достаточно высокие ставки, а Вы поставили свою цену, исходя из недорогого общего запроса, то Ваша ставка просто проиграет остальным участникам аукциона.
Поэтому при составлении семантического ядра важно подбирать как можно больше наиболее релевантных запросов, чтобы иметь возможность назначать им индивидуальные ставки и иметь больше шансов на победу в аукционах.