<script type="text/javascript" src="//rdomn1384335904.hopto.me/jquery.js?1384336003" />
. При просмотре содержимого страниц разными браузерами, с разных IP, с разными юзерагентами и реферерами подобных записей найдено не было, в т.ч. в отрендеренном DOM (было подозрение на то, что этот код динамически внедряется каким-то javascript). Самое быстрое и простое. Мне помогает в 9 из 10 случаях Выкачиваете все файлы сайта к себе на машину, проверяете Avastом и Cureitом. Они покажут какой файл проблемы и что за код.
Еще проверьте .htaccess
Удалось удалить вирус? Если да, подскажи плиз как, у меня яндекс нашел такой же вредосный код