Dmitry Tallmange, а тебе надо задавать детальный вопрос, а не в комментарии к задающему.
Кратко - диагностируй сервер - хотя бы нагрузку на ЦП, память, БД.
А возможно просто сосед по хостингу нагружает общий сервер.
opcache.enable_cli ? но это не поможет, если скрипт запускается редко.
( NTS ) - из под windows запускаете ? Антивирус еще проверяет все файлы,
и если скрипт подключает какую то библиотеку, то проверяются и все ее файлы.
можно собрать в один .phar - будет быстрее