Выбирайте:
а) делить файл на 2 части: прошивка и отдельный сегмент с переменными для настройки; зашивается в два этапа, для каждого файла свой
б) модификация уже подсказанного: хранить в еепром, что тоже отдельный сегмент по факту
в) поищите задачу с серийными номерами приборов: по сути тоже самое, только там параметр=серийник
г) делать настройку на этапе компиляции, если возможно.
д) самому пережёвывать hex в бинарник, искать там вашу переменную, определять по какому адресу лежит, и корректировать содержимое hex-а с пересчётом контрольной суммы. Вроде как avreal умел что-то подобное.
В последнем случае пишите тулзу, которая по смещению и размеру переменной будет поправлять значение в HEX-e.