Если кратко, берем код:
<?php
session_start();
if (!isset($_SESSION['a']))
{
$_SESSION['a'] = 0;
}
ob_start();
print $_SESSION['a'];
$_SESSION['a']++;
session_regenerate_id(true);
?>
Открываем в firefox, обновляем страницу несколько раз. Счетчик растет.
Зажимаем Ctrl-R и видим, что потеряли сессию.
Пример несколько синтетический, но часто подобный эффект проявляется при нормальной работе с приложением. Суть в том, что идентификатор сессии изменился, а куку браузер не успел (или не захотел) принять.
Лечится?