Мне кажется, что вы все усложняете.
Скачиваете ffmpeg, извлекаете в любую папку, хоть на рабочий стол. Туда же кладете нужный файл. Называете "
ОДИН.mp4"
Создаете текстовый документ, переименовываете из "новый текстовый документ.txt" в "новый текстовый документ .bat"
Открываете блокнотом, вставляете
ffmpeg -i ОДИН.mp4 -c:v libx264 -crf 19 -c:a libfaac -movflags faststart ДВА.mp4
Сохраняете, запускаете, наслаждаетесь результатом "ДВА.mp4"
С этого момента нужно будет просто закидывать новые файлы и переименовывать в "ОДИН" да запускать скрипт "новый текстовый документ". :)
Не забывая радоваться результату и перемещать его в другую папку конечно!
Это на самом деле гораздо проще, чем устанавливать софт и каждый раз лазить в его настройки. Сдался вам этот гуй...
К тому же, судя по ветке комментариев выше, вы и так там в bat-файлах ковыряетесь.