Ведь почти на всех сайтах я встречал расширения html. Поясните пожалуйста за данный случай.
Поисковой системе, в большей степени - всё равно, какое у Вас там расширение и есть ли оно вообще. В большинстве случаев, расширение - это часть адреса, в т.ч. можно попробовать настроить переадресацию с ".html" на файлы ".php", на уровне веб-сервера Apache / файла .htaccess.
Только вот не знаю плохой ли тон так делать?
Очень вряд ли это можно назвать плохим тоном. Преимущество "голых HTML" только в том, что можно сэкономить в районе 1$ на хостинге в мес., что в свою очередь - довольно незначительная сумма для любого мало мальски серьёзного проекта...
Что именно использовать, PHP или шаблонизаторы для HTML - решать Вам, вопрос скорее (личного) удобства, чем функциональности.