Первое, что нужно понять
Github — хостинг, хостинг для проектов GIT, GIT — система контроля версий программного обеспечения... то есть там хранится история и ветки групповой разработки...
То, что вы с ним столкнулись — итог маркетинга, тк помимо основной функции (хранение истории разработки) он выполняет еще и кучу всяких полезных штук... например публикация библиотек (JQuery скриптов как пример, публикация портфолио, публикации верстки на GitPages и хоcтинг статики на этом же сервисе...)
иranche — ветка проекта, например когда нужно сделать фичу или 2 разных разработчика или по назначению... issues — чисто теа Github для того, чтобы отправлять жалобы/замечания/корректировки/вопросы... к им можно крепить ветки и т.д...
pull request — это когда вы скопировали проект (fork) и сделали его доработку и отправили изменения владельцу преокта, а он смотри принять его или нет :)
readme.md — файл в формате MarkDown для того, чтобы написать описание проекта