Здравствуйте. Это зависит от:
1)Имеет ли пользователь, подключающийся по SSH, права на доступ к другим сайтам.
2)Какой FTP сервер Вы используете (pureFTPd, proftpd, vsftpd)?
Если Вы используете vsftpd, то можно создать пользователя Unix с нужной Вам домашней папкой и запретить ему подниматься выше домашней директории (делается это в /etc/vsftpd.conf).
Вы являетесь клиентом виртуального хостинга, или же у Вас свой сервер?