Куки используются для организации сеанса, а не для аутентификации как таковой, т.е. куки позволяют сопоставить запрос и сеанс, для которого уже пройдена аутентификация, поэтому токены, используемые в авторизации (например OAuth) в куках не хранятся.
Другой вопрос, как именно сопоставляются данные о сеансе и куки, тут может быть несколько подходов:
1. Данные о сеансе хранятся на стороне сервера, куки используется как ключ, по которому они достаются, например из базы.
2. Данные о сеансе хранятся в самой куки, зашифрованные ключом сервера, это позволяет избежать хранения данных на стороне сервера.