обычно галерее нужно расчитывать ширину, а так как контент fancybox скрыт, ей нету что расчитывать.
Когда вы открываете консоль, выполняется ресайз, и галерея выполняет пересчет.
Вам нужно выполнять инициализацию после открытия окна, или выполнять ресайз для галереи. Посмотрите документацию плагинов, там все есть.
