Итак, отвечу сам на свой вопрос:
Форматирование смешанного (PHP+HTML) кода в Netbeans дает хороший результат только в случае когда открывающий/закрывающий тег (т.е "<?" или "?>") находятся на отдельной строке.
Пример:
код который будет
не правильно форматирован:
<?if($res == "new") {?>
<!-- HTML или смешанный код -->
<?}?>
код который будет
правильно форматирован:
<?
if($res == "new") {
?>
<!-- HTML или смешанный код -->
<?
}
?>
Как это сделать (перенести все открывающие/закрывающие PHP-теги) -
другой вопрос.
Такая вот особенность форматирования кода в Netbeans.