Вики в Github представляет из себя самостоятельный репозитарий, в который вы можете загружать файлы тем же путем, что и в основной. При выгрузке репозитарии вики на локальную машину вы получите папку %Название основного репозитария%.wiki, с которой и будете работать. Выгружайте свои результаты именно в нее и оттуда синхронизируйтесь с Github.