Макрос. Примерный алгоритм:
1. Открыть все файлы по очереди, скопировать всю инфу из них на новый лист
2. Добавить новую колонку "файл с дублем", в каждую ячейку записать имя файла, откуда копировали данные — чтобы в будущем знать, в каком файле надо удалить.
2. Применить в новой колонке "Признак дубля" формулу =СЧЁТЕСЛИ(A2:A$1000;A2)-СЧЁТЕСЛИ(A:A;A2), эта формула выдаст признак дубля (ессно, если нужные вам данные находятся в колонке А).
Важно! Для следующей строки формула будет иметь вид =СЧЁТЕСЛИ(A3:A$1000;A3)-СЧЁТЕСЛИ(A:A;A3), для следующей =СЧЁТЕСЛИ(A4:A$1000;A4)-СЧЁТЕСЛИ(A:A;A4) и т.д.
Важно! В моем примере последняя ячейка A1000, у вас она будет другая, вместо 1000 поставите номер последней заполненной строки.
Пример
3. В итоге, все дубли получим с цифрой -1, -2, -3 и т.д, а все уникальные будут иметь флаг 0.
4. Повторно открываем все файлы, находим в них дубли через =ВПР или =ИНДЕКС(ПОИСКПОЗ()) и удаляем их, не забыв сделать проверку через =ЕСЛИ(И("имя файла"=ячейка колонки "файл с дублем";"Признак дубля" меньше нуля); то удалить; иначе ничего не делать).
Если файлов не много, то всё это можно и ручками сделать.