По поводу залоченных файлов не подскажу, никогда такой проблемы не возникало. Попробуйте отключить все экстеншны студии. Есть ли post-build steps? Может, какой-то процесс там файлы лочит. Чтобы понять, кто лочит файл, можно воспользоваться утилитой
ProcessExplorer.
А по поводу разделения View и ViewModel в отдельные сборки - это явный over-engineering. Достаточно, как вы делали раньше, разбить код на пространства имён и папки.
UPD. нашёл на просторах интернета: In Windows 7, if you try to delete a file that is locked, the error message will tell you which process has it locked.