У стилей внутри медиазапросов нет какого-то волшебного приоритета над прочими, к ним применимы те же самые правила. Конкретно в данном случае - применяется последнее объявленное правило среди максимально специфичных. Селектор
section ... .application input гораздо более специфичный, чем просто
.application input, поэтому правила перекрываются.
Вот простой пример:
https://codepen.io/alexey-m-ukolov/pen/EbeZvY?edit...
P.S.
Не работают медиа запросы
Медиа-запросы работают, проблема в другом.
браузер жалуется
Не жалуется, а наглядно показывает, какие правила применяются, почему и откуда они взялись.
выше (не в медиа даже) указаны другие свойства
Свойства могут быть указаны и ниже по коду, браузер в этой панели сортирует правила по специфичности селектора.
Простой
