вроде так

<!-- Chrome, Firefox OS and Opera -->
<meta name="theme-color" content="#000">
<!-- Windows Phone -->
<meta name="msapplication-navbutton-color" content="#000">
<!-- iOS Safari -->
<meta name="apple-mobile-web-app-status-bar-style" content="#000">

Подскажите как вы разбиваете вашу верстку на блоки
Вот возьмем, например, header.

Хедере это конкретный блок со своим классом и модификаторами (если нужно). Далее все намного проще - позиционирование мы не включаем в стили модификатора, это скорее изменение его внешнего вида, об этом следует помнить.

Предположим внутри блока есть кнопка, которая есть и в других блоках.

Ну так и делайте ее отдельным блоком, например с классом .btn или .button и у нее будут свои модификаторы. Чаще всего у блока кнопки их много. Пример как делаю я:

.btn {}
/* style */
.btn--primary {}
.btn--secondary {}
/* size */
.btn--sm {}
.btn--md {}
.btn--xl {}
/* special */
.btn--link {}

Маргины мы прописываем в стилях к этой кнопке и добавляем соответствующий модификатор?

Нет, отступы и кастомные стили (очень специфичные) мы задаем в зависимости от родительского блока в котором находиться кнопка, в данном случае это хедер. Мы может сделать так:

.header .btn {}
или например такой класс сделать
.header__btn {}

Я предпочитаю вложенность (но не больше 1 уровня)

А как эти кусочки потом собрать? С помощью pug includes или gulp

Ну тут уже по разному, как вам удобней и зависит от конкретного инструмента, если говорить о pug, то я делал так
1. объявление миксина в отдельном файле

mixin button(caption)
  button.button&attributes(attributes)!= caption

2. Подключал в глобальный скоуп через шаблоны (include)
3. Пользовался миксином в любом места.

Предположим еще в этом блоке есть меню, которое больше нигде не используется, его мы уже верстаем не отдельно, а вместе?

Сделайте отдельным компонентом - не пожалеете. Во первых держать весь код в порядке (в одном понятном виде) удобно. Во вторых - если будет нужно расширение проекта или почти такое же меню но в другом месте, это вам пригодиться.