Например, в Yoast SEO есть понятие "Основной рубрики" или "Основной категории", можно сделать нечто подобное.
Если говорить про поведение по умолчанию, то, насколько я помню, WordPress считает основной рубрикой ту, у которой наименьший ID из указанных для записи.