Приложите скриншоты. Что за наложение такое "через pixel perfect"?
Судя по тэгам, речь идёт о несовпадении в итоговой вёрстке и макете в Фш. Ну так смотрите какие элементы, в каких единицах измерения у них размер указан в макете и в чём в вёрстке. Проблема давняя и популярная.
Для текста, например, там куча параметров может быть, см. панель Character.