Кирилл Серов, это одна из причин, по которой не стоит без абсолютно крайней необходимости заниматься метапрограммированием. Собственно, выходов у вас особо нет, либо нагромождать тестовый стенд, который в момент перехода к исполнению вашего сгенерированного текста остановит программу, скинет ваш код в файл, вы его загрузите в отладчик, проинициализируете все переменные и объекты, и отладите.
Второе - раз уж вы интегрируетесь с экселем, рассмотрите VBA в качестве вашего скриптового языка.
Третье - файловый ввод-вывод и пошаговое логирование в момент исполнения вашего кода со всей интересующей вас информацией.
И повторюсь, рассмотрите возможность отказаться от генерации компилируемого кода, используйте хотя бы любой скриптовой язык (vbs, js, ps1, python, и т. д.).