Какой дистрибутив Windows? Какой дистрибутив Linux? Какие настройки безопасности в BIOS? Это ноутбук или просто десктоп, а может сервер? Пожалуйста, больше конкретики.
Для создания флэшек с линухом - я за ответ Johnny Gat . Для создания флэшек с виндой лучше всего использовать утиль от самой винды - поэтому я за ответ Nobby2519