Насколько мне известно, так не получится. Функция media_handle_upload() обрабатывает POST запрос, и принимает индекс из массива $_FILES. Далее она передает $_FILES['индекс'] по ссылке на функцию wp_handle_upload(), которая в свою очеред отправляет на _wp_handle_upload(), которая уже выполняет проверку конкретного загруженного файла во временной папке, валидирует его и перемещает в папку загрузок. После чего создает запись типа 'attachment' и пишет все необходимые данные и связи.
Это что касается "что WP там делает под капотом". Что же касается вашей задачи - не совсем понятно что вы пытаетесь сделать и зачем. Если вы хотите хранить кропнутую картинку в БД в base64 / blob, вместо файловой системы и медиа-библиотеки, то зачем вам вообще media_handle_upload? Насколько я понял, у вас уже есть необходимые данные, осталось просто записать их в БД. Сделайте свою таблицу, пишите их туда и привязывайте внешним ключом к нужной записи (слайдеру, если я правильно вас понял).